El órgano supremo de Gobierno y decisión de la Federación es la Asamblea General, compuesta por los vocales que representan a todas las organizaciones zonales y sectoriales incorporadas como miembros de pleno derecho. Es de su exclusiva competencia reformar los Estatutos, aprobar los programas y planes de actuación de la Federación y elegir al Presidente y a los Vocales de la Junta Directiva. Cada dos años, la Asamblea General elige al Presidente y a la Junta Directiva que, a su vez, nombra a los miembros del Comité Ejecutivo.